Översikt:Kriget drabbar den underjordiska staden Zion, där de sista fria människorna håller sig gömda. Neos krafter är tömda och han driver omkring i ett Ingenmansland mellan Matrix och Maskinvärlden, där Matrix skapats. Morpheus börjar grubbla på om inte Den utvalde, i vilken han investerat ett helt livs tro, bara kanske är ytterligare ett system för kontroll skapat av arkitekterna bakom Matrix.